Home - Opinião - COVID-19, dia 22 Jun… Incidência, curva epidémica e R0. Autor: Carlos Antunes

COVID-19, dia 22 Jun… Incidência, curva epidémica e R0. Autor: Carlos Antunes

A determinação do número de reprodução da epidemia de Covid-19 exige alguma complexidade de cálculo, quer ele seja estimado com base num modelo epidmiológico (tipo SIR ou SEIR), quer seja estimado empiricamente através de um rácio de médias corridas de novos casos. Porque o fundamental são os dados. Se partirmos de uma curva de novos casos única e exclusivamente baseados na data de notificação ou de diagnóstico, perdemos grande parte da informação epidemiológica, nomeadamente, a variabilidade do período de incubação. Resultando numa série muito ruidosa, cuja estimativa do R0 fica por vezes muito enviesada.

Para reduzirmos o ruído da série é necessário corrigir cada caso à data do respectivo início dos sintomas e, mesmo assim, aplicar depois uma correcção de distribuição do período de incubação (função de distribuição Gama). Que nos casos do SARS-cov-2 tem o valor médio de 5 dias, mas pode chegar aos 12 (5%) e mesmo aos 14 dias (1%). Essa curva final de casos corrigidos à data de contágio será a verdadeira curva epidémica. Contudo não é fácil consegui-la e muito menos obtê-la por parte das entidades oficiais.

Para contornar a questão, podemos sempre fazer aproximações de forma a podermos obter uma boa estimativa do R0 e da sua variação ao longo do tempo (R(t)) de duração da epidemia. Ora partindo da curva do número de casos por data de sintomas ou notificação publicada pela DGS no seu relatório de situação, obtemos uma estimativa do R0 dos últimos dias que é subestimada. Simplesmente, porque lhe faltam os casos de contágio dos últimos 5 a 15 dias. Casos esses que serão notificado apenas nos dias seguintes. Pelo que a sua estimativa através deste dados dará sempre valores inferiores ao real que depois acabam por ser revistos em alta.

Aplicando uma correção ao número de novos casos dos últimos 15 dias com base numa função de distribuição Gama (com alfa=5.1 e beta=0.8, por estimativa empírica) obtemos uma estimativa da curva epidémica de casos de infecção SARS-cov-2 corrigida. Desta curva resulta uma estimativa do R0 dos últimos 7 dias mais exacta, embora com menor precisão.

Desta forma, obtém-se um valor de R0 para os últimos 7 dias de 1.06 (com intervalo de confiança a 95% entre 0.98 e 1.16), ao passo que por via da curva dos casos à data dos sintomas não corrigida a estimativa do R0 é apenas de 0.98.

Este é uma melhor aproximação ao método usado pela DGS, baseado no nowcasting, para estimar o seu valor de R0. Confirmando-se assim que o R0 desde 20 de Maio (poucos dias depois da 2ª fase de desconfinamento) manteve-se praticamente sempre acima de 1.0, com excepção do curto período entre 11 e 13 de Junho.

Esta evolução do R0, ligeiramente acima de 1.0, justifica o ligeiro aumento de novos casos desde o anúncio do fim do período de confinamento. Deixámos mesmo uma fase que aparentava ser de estacionaridade (steady state) para passarmos para uma fase de ligeiro aumento do número de casos.

É já visível (com exemplos dos últimos dias) verificar o aumento da incidência nos grupos etários até aos 39 anos. Sendo que os grupos dos 0 aos 19 são dos que mais tem aumentado. Ao mesmo tempo que se começa a verificar uma diminuição da incidência dos grupos com mais de 50 anos e uma estabilização no grupo de 40-49 anos.

A simples análise das curvas teóricas de novos casos (EDF) e de acumulação de casos (CDF) com a curva de dados mostra com clarividência os efeitos do desconfinamento. Contudo, sabemos que isso, felizmente, não se tem traduzido no aumento de internados nem num significativo aumento de óbitos, pelo contrário, tem havido até uma evolução positiva.

Autor: Carlos Antunes

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